在知网系统提交文章的时候，其实是支持多种格式的文档。但是不同格式的文档结果也有可能不同，也就是说不同格式对最终的结果是会有影响的。对同一篇文章的标题进行改动再提交之后，两篇内容完全一样的文章，系统可能给出两个不一样的结果。也导致查重结果出现偏差，结果无法达到准确性。
知网系统目前是只能检测中文和英文两种语言，对于其他语种，检测结果普遍为零。所以对于其他专业语种的同学们来说用知网系统查重并不可取，知网系统的数据库收录的外文文献比较匮乏，对抄袭通过翻译另一篇其他语言文献的文章来说，系统也是无法检测出来的。
学术论文中惯用公式、图表等来进行佐证，对文章论点加以说明和论证。提交文章时，文章中的这些内容并不能正常显示，而是无序的罗列出来，所以即使原文照搬其他人论点实证的图标，有些也是无法检测出来。
大家可能都知道一些常见的修改方法，第一调整下句子词语的前后顺序以及找同义词来替代之类，由于原句经过打乱所以系统并不能有效的检测出来。第二一些论文中，常常会引用某伟人的话语或者名人著作，或者介绍经典的案例以及描述某种理论等。这些不能更改的内容往往会被系统认定为“抄袭”的现象，还会出现抄袭率偏高的情况，如果仅以抄袭率来判断文章，将会使很多原本优秀的文章，可以发表的文章排除在外，对作者来说是不公正的对待。
知网检测系统是只能检测被中国知网已收录的文献资源，对于未被收录的文章以及数据，并不具有检测性。所以可能存在A抄袭了B的文章，但是由于投稿时间或投稿周期的原因，A的文章提前发表，而B发表文章时却被显示“抄袭”A。因此，这种检测完全是学术不公的现象，检测结果已然失真。
